Le commissariat est dirigé par un commissaire et comprend :

• Trois cellules
  1. La Cellule Défense, Sécurité et Relation Internationale ;
  2. La Cellule Gouvernance Politique, État de Droit, Contrôle Démocratique et Genre ;
  3. La Cellule Gouvernance Économique, Sociale et Culturelle ;
• Un Secrétariat ;
• Une Unité Technique.